Trubbnate förekommer främst i måttligt näringsrika vatten. Den finns på mjukt sediment i skyddade vikar av sjöar, men i enstaka fall även i dammar och andra småvatten. Artens bestånd kan variera kraftigt i storlek mellan olika år, då övervintringen endast sker med frön och övervintringsknoppar.

Förändring - 23 %. – Ungefär samma utbredningsbild som på Almquists tid, men Almquist rapporterar fler fynd kring Stockholm. Möjligen har trubbnate minskat i detta område på grund av stadens tillväxt. Det är dock svårt att dra några slutsatser om förändringar i utbredningen då arten sannolikt alltid varit förbisedd.