Stor nunneört är ursprunglig i Uppland, liksom på Gotland, Åland och södra delen av finska fastlandet, senare inkommen i flertalet landskap i södra Sverige till och med Gästrikland. Den är tämligen allmän i kustområdet upp till södra Hållnäs samt vid östra delen av Mälaren, men finns för övrigt mest som spridda förekomster, vilka i flertalet fall härstammar från odling. 182 kartblad, 345 kvadranter.
I kusttrakterna förekommer stor nunneört i lundar, hagar och strandsnår, i inlandet mest i parker och trädgårdar samt på stränder.
Förändring + 41 %. – Stor nunneört har ökat liksom många andra arter i lundar och strandsnår.

De vid kusten förekommande populationerna utskiljdes tidigare som ssp. laxa. Senare undersökningar har dock visat att detta taxon inte kan upprätthållas (Lidén i Jonsell, ed. 2001).