Kärrfräken förekommer i allehanda fuktiga biotoper, såsom sumpskogar, rikkärr och medelrikkärr, fuktängar, strandängar, åkerkanter (vanligen odlingar på utdikad myrmark) och diken. Ofta finner man den på kanterna av skogsbilvägar som passerar genom något rikare våtmarker i skogen.