Vattenmärke har sydlig utbredning i Sverige med nordgräns i Gästrikland. I Uppland är den tämligen allmän med undantag för den nordvästra tredjedelen, men finns i Tämnaren och utefter hela Tämnarån. 331 kartblad, 681 kvadranter.
Vattenmärke växer med sina nedre delar nedsänkta i vatten. Den förekommer i näringsrika sötvatten som inte torkar ut: på stränder av sjöar, dammar, åar och i större diken. Dessutom har den rapporterats från några kustlokaler, bl.a. i flador nära stranden.
Förändring - 3 %.