Luden johannesört är en ovanlig art i södra Sverige med den nordligaste utposten på en lokal i Gästrikland och en tillfällig förekomst i Norduppland. Den förekommer även i södra Finland. I Uppland är den tämligen sällsynt, rikligast förekommande i östra delen av Mälarområdet norrut till Uppsala samt i skärgården söder och öster om Norrtälje. 84 kartblad, 114 kvadranter.
Luden johannesört växer i skogsbryn och utkanten av lundar och lövsnår, måttligt betade ängar och hagar, på vägkanter, skogsvägar och igenväxande åkermark. I ytterskärgården förekommer den i örtbackar, ofta bland enar och havtorn.
Förändring - 20 %. – Luden johannesört har gått tillbaka, troligen beroende på alltför kraftig igenväxning av dess växtplatser.