Dvärgigelknopp förekommer i skogskärr, skogsdiken, mosselaggar på dybotten i grunda vegetationsfria sjöar, samt vattenfyllda stenbrott. Den kan ibland bilda mer el. mindre bottentäckande mattor på grunt vatten.

Vanlig; funnen i 108 rutor (65%); tidigare flerstädes (Holmgren 1942). Dvärgigelknopp är utbredd i större delen av Blekinge, men är ovanligare i kusttrakterna och saknas på Listerlandet.