Kustarun förekommer framförallt på betade havsstrandängar, men finns även på ohävdade sådana med någorlunda kort gräsväxt.

Denna art delas i kustarun var. littorale och topparun var. glomeratum, varav den senare har tätare blomställning och en mer vidgad (smalt trattformad) blompip med ståndare fästade längre ner i kronröret. Topparun ansågs tidigare vara en separat art (jfr. Holmgren 1942), som endast var känd från Skåne, Blekinge, Sjælland och norra Tyskland. Skiljekaraktärerna är emellertid förmodligen av litet systematiskt värde, och i princip endast orsakade av läget på kronrörets tillväxtzon. Dessutom är topparun inte geografiskt eller ekologiskt skiljd från kustarun, varför en behandling på varietetsnivå är lämpligare (Jakobsen 1960).

Vanlig i havsstrandsrutor; funnen i 48 rutor (27%); tidigare tämligen allmän på havsstränder (avser var. littorale; Holmgren 1942). Kustarun är vanlig i de östra och mellersta delarna av Blekingekusten, men är ovanligare i Karlshamns och Sölvesborgs kommuner.