Vitstjälksmöja växer i grunda havsvikar på dyig botten.

Vanlig i havsstrandsrutor; funnen i 49 rutor (28%); tidigare flerstädes (Holmgren 1942). Vitstjälksmöja är utbredd längs hela kusten och i skärgården, men är något ovanligare på Listerlandet där skyddade havsvikar är ovanliga.