Klöverärt växer på blockstränder och havsstrandängar, samt förekommer även i glesa vassbälten; arten gynnas sannolikt av hävd, men är även tålig mot de först stadierna av igenväxning.

Vanlig i havsstrandrutor; funnen i 33 rutor (19%); tidigare flerstädes på havsstränder (Holmgren 1942). Klöverärt är spridd på stränderna i östra och mellersta Blekinge, västerut till Vångsö i Bräkne-Hoby; dessutom är den funnen vid Pukavik i Ysane, samt på östra Hanö.