Vårkällört växer på fuktig jord; den förekommer bl.a. på översilade hällar, i hällkar, på fuktiga stigar, samt i strandnära betesmarker.

Ganska vanlig i kusttrakterna och skärgården; funnen i 31 rutor (18%); tidigare flerstädes (Holmgren 1942). Vårkällört förekommer längs hela Blekingekusten, men är vanligast i den sydöstra skärgården. Utanför Blekinge finns den bara i södra Skåne och på ett par lokaler i sydöstra Småland och södra Öland. Den har en rik förekomst i Mjällby 500 m VNV om Grammahagen.