Havsnajas växer i bräckt vatten på dyig botten, i grunda skyddade havsvikar.

Ganska vanlig i havsstrandrutor; funnen i 15 rutor (9%); tidigare tämligen sällsynt (Holmgren 1942). Havsnajas är spridd i delar av innerskärgården mellan Mörrum och Kristianopel, men saknas i den yttre skärgården.