Dvärgarun förekommer endast på betade havsstrandängar, framförallt i de torrare delarna.

Vanlig i havsstrandrutor; funnen i 41 rutor (23%); tidigare flerstädes på havsstränder (Holmgren 1942). Dvärgarun är vanlig i de östra och mellersta delarna av Blekingekusten, men är ovanligare i Karlshamns och Sölvesborgs kommuner.