Vattenpilört förekommer i sjöar och dammar, samt på fuktiga betesmarker, stränder, medelrikkärr och ruderatmarker.

Ganska vanlig; funnen i 60 rutor (34%); tidigare tämligen allmän (Holmgren 1942). Vattenpilört är spridd i de södra kusttrakterna, men har även nordligare förekomster, bl.a. i Lyckebyåns och Vierydsåns vattensystem. Den är sällsynt i norra och östra Blekinge.