Smånunneört förekommer bl.a. i hagmarker, lövdungar, ängslövskogar och skuggiga gårdsmarker.

Vanlig; funnen i 101 rutor (57%); tidigare tämligen allmän (Holmgren 1942). Smånunneört är utbredd i större delen av Blekinge, men ovanligare i de nordligaste och nordvästra delarna, samt i den sydöstra skärgården.