Vattenskräppa växer bl.a. på åstränder, havsstränder och i vattenfyllda lertag.

Mindre vanlig; funnen i 35 rutor (20%); tidigare flerstädes i de västra och mellersta delarna av Blekinge (Holmgren 1942). Vattenskräppa är utbredd längs kusten från Sölvesborg till Sturkö. Den har även enstaka förekomster i inlandet, bl.a. vid Holjeån och Sörbybäcken i Ronneby.