Mörk dunört växer bl.a. i öppna kärrängar, på sjöstränder och i diken; den förekommer även på ruderatmarker.

Ganska vanlig; funnen i 67 rutor (38%); tidigare tämligen allmän (Holmgren 1942). Mörk dunört är spridd i hela Blekinge, men den är vanligast i de sydöstra delarna. Belagda äldre uppgifter finns främst från kusttrakterna och arten kan ha ökat i inlandet