Notblomster växer på grunt vatten i sjöar, på grus- eller sandbotten; den förekommer främst i näringsfattiga klarvattensjöar, mer sällan i brunvattensjöar.

Vanlig; funnen i 81 rutor (56%); tidigare tämligen allmän i norra och mellersta Blekinges sjöar (Holmgren 1942). Notblomster är utbredd i inlandet, samt har kustnära förekomster i Svinarydssjön i Hällaryd och Färskesjön i Jämjö.