Flerårig nästan kal ört med krypande jordstam. Stjälken som upptill är brunröd har strödda ägglika, spetsiga blad med parallella nerver som är utstående på undersidan. De helt kala bladen är gulgröna, ibland rödbrunaktiga och har en slät kant. Växten har upp till 15 något hängande blommor med brungrönaktiga kalkblad och en tydligt större klarvit underläpp med en central gul fläck. Frukterna är avlånga ovala och först purpurfärgade kapslar som hänger ned.

Kärrknipprot växer främst på fuktig till blöt, alltid kalkhaltig mark. Den är typisk för riktigt kalkrika rikkärr men hittas också i fuktig gräsmark i diken eller i blöta kalkbrott. Arten är ganska sällsynt och spridd i kalkområden i södra Sverige upp till södra Gästrikland. I övrigt finns den bara mycket sällsynt i mellersta Norrland.

Förväxlingsrisk:
Andra knipprötter (Epipactis spp.) samt guckusko (Cypripedium calceolus) har gleshåriga bladskivor.