Perenn, tuvad, halvparasitisk, 1–3 dm hög ört. Har en fjällig rotstock som sänder upp uppstigande skott. Skotten är håriga och har fjällika lågblad nedtill, sedan äggrunda, “skrynkliga” korsvis motsatta blad med jämt utformade, framåtriktade, rundtrubbiga tänder. Nära bladspetsen bryts ofta tandraden så att spetsen har helbräddad kant (syns ibland dåligt). De nedersta bladen har enbart grön färg, men högre upp blir de allt mer violettanlupna, särskilt stödbladen. I toppen med blommor som sitter enstaka i stödbladsvecken. Stora blommor (ca 2 cm) med mörkviolett, zygomnorf, rörlik krona med 3-flikig underläpp och längre överläpp. Märket, som ligger an mot överläppen, sticker ut ur blomman och är något nedåtkrökt. Fodret är delat i 4 smala flikar. Frukten är en ca 1 cm lång kapsel som i yttre delen spricker upp i två flikar som rullas nedåt. Efter mognaden vänder sig kapseln uppåt. Karaktäristisk vinterståndare som ofta ses på våren: en ca 2 dm hög, gråbrun “pinne” som i toppen har kortskaftade, uppåtriktade, korsvis motsatta kapslar som i toppen är kluvna i två nedrullade läppar.
Svarthö är vanlig i många miljöer i fjällen, särskilt i kalktrakter. Den ses ofta på stränder ock i kärr, men även på andra friska marker. Blir mindre kräsen på kalk, och kan då växa torrare. Förekommer även i rikkärr i fjällens närhet, och följer många vattendrag ned i skogslandet, vid vissa älvar nästan till kusten. I västra Östergötland och på södra Gotland finns isolerade populationer i rikkärr.

Förväxlingsrisk:
Omisskännlig när den blivit violettanluppen.
Tidigare kan den likna myntor (finns vid vattendrag nära fjällen, men saknas på själva fjället), men de luktar menthol och är inte tuvade (växer i bestånd), eller teveronika (Veronica chamaedrys) (huvudsakligen kulturmark, saknas helt på fjället), som dock har stängelns hårighet samlad i 2 rader, och mer trekantiga blad som har grövre tandning med djupare inskärningar och vassare, mer utspärrade tänder.